水运营改增，计算出来的整个工程应纳税额是否可能为负数？

是的，有可能。经过对一些典型水运工程进行测算：A.当工程中石料（综合抵扣率4.14%左右）等比重较大时，按增值税计算的工程造价比按旧营业税计算的工程造价会上涨。B.象疏浚工程中柴油（16.15%）等比重较大时，可能会出现整个工程的增值税进项税额比销项税额多，从而按计价程序计算出来的应纳税额为负数。